Mit 21 Jahren übernimmt Hana das Pfandhaus ihres Vaters Toshio. Doch ihr erster Arbeitstag als Eigentümerin verläuft anders als erwartet: Als sie morgens das Ladengeschäft betritt, ist es verwüstet, und ihr Vater ist verschwunden.
In diesem Moment betritt der Physiker Kei den Laden. Er hilft Hana nicht nur, eine Wunde zu versorgen, die sie sich im verwüsteten Geschäft an einer Glasscherbe zugezogen hat, sondern unterstützt sie auch bei der Suche nach ihrem Vater durch eine fantastische Parallelwelt.
All dies wäre nicht nötig, wenn es sich bei Hanas Pfandhaus um ein gewöhnliches Pfandhaus handeln würde und Hanas Welt das reale Tokio wäre. Doch das Pfandhaus befindet sich in einer Paralleldimension, getarnt als beliebtes Ramenlokal. Menschen, die eine folgenschwere Entscheidung getroffen haben und die Last dieser Entscheidung mit sich tragen, gelangen bei Betreten des Gebäudes statt in das Ramenlokal automatisch in Hanas Pfandhaus. Dort erhalten sie die Möglichkeit, ihre Entscheidung zu verpfänden und belastende Gedanken über verpasste Gelegenheiten gegen inneren Frieden einzutauschen.
Was zunächst nach einem typischen Wohlfühlroman klingt, erweist sich als reiner Fantasyroman. Hinter der Fassade des kleinen Pfandhauses verbirgt sich eine fantastische und zugleich bedrohliche Welt, in der zunächst Hanas Vater und später auch Hana und Kei vor den Shīkuin fliehen müssen. Diese aus Blut und verwesendem Fleisch bestehenden Wesen fungieren als Wächter und verfolgen jene, die gegen die Regeln der Parallelwelt verstoßen.
Auf der Suche nach ihrem Vater durchquert Hana verschiedene fantastische Schauplätze. Sie besucht unter anderem einen Nachtmarkt, auf dem Erinnerungen aus der eigenen Haut geschnitten werden müssen, um mit ihnen bezahlen zu können. Zudem springt sie in einen Brunnen, um sich kurze Zeit später in einer Erinnerung von Kei zu verstecken. Eine zentrale Rolle spielt auch ein Museum, dessen Ausstellung verdeutlicht, wie wenige Sekunden eine Entscheidung und damit den Lauf der Geschichte verändern können. So wird beispielsweise gezeigt, wie 13 Minuten den Tod von Adolf Hitler verhinderten und wie 15 Sekunden die Titanic zum Sinken brachten. Schließlich gelingt es Hana und Kei auch, mithilfe eines Liedes, das Kei in seinem Kopf hört, ein Meer zu überqueren.
In Hanas Parallelwelt sind Logik, Zeit und Raum also häufig außer Kraft gesetzt. Dennoch versucht der Physiker Kei immer wieder, die Ereignisse mithilfe physikalischer Gesetze zu erklären. Der Gegensatz zwischen Hana und ihm könnte nicht größer sein, aber gerade deshalb nähern sich die beiden auch immer mehr an und ihre Geschichte wird zu einer Liebesgeschichte mit einigen dramatischen Wendungen.
Trotz dieser Liebesgeschichte bleibt der Roman aber in erster Linie ein Fantasy-Roman. Zwar hat die Handlung des Romans einen gewissen Tiefgang, die Aneinanderreihung und Beschreibung von fantastischen Szenen steht aber deutlich im Vordergrund.
Im Vergleich zu anderen Fantasyromanen mit Japanbezug, die häufig – wie etwa Der Clan der Otori – in einem historischen, an Japan angelehnten Setting angesiedelt sind, spielt Water Moon in einer Parallelwelt mit japanischem Anstrich, die ähnlich wie die Filme von Studio Ghibli viele verschiedene Elemente miteinander vermischt und zu einer ganz eigenen, fantastischen Welt formt.
